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组蛋白修饰与神经干细胞分化
来自 : 发布时间:2013-02-04

1992 年,Renyolds 等从成年小鼠纹状体中分离得到能在体外不断增殖且具有多向分化潜能的细胞群,表明在成熟神经系统中也存在神经干细胞(neural stem cellNSC)。研究显示,NSC 不仅存在于胚胎早期的脑室和脑室下区,也存在于发育成熟的脑组织内,主要分布于室管膜下区(subventricularzoneSVZ)和海马齿状回颗粒细胞下层(subgranularzoneSGZ)。NSC 是一种多能干细胞,终生保持增殖和分化潜能,在一定分化条件下能分化为神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞。在哺乳动物发育过程中,神经系统发育过程受内、外多重因素调节,其中表观遗传学调节是 NSC 分化过程中的一种重要调节方式。表观遗传学研究的内容是调控遗传物质表达而不改变遗传基因 DNA 序列所引起的表型变化的过程及机制,主要包括 DNA 甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、基因印记等。其中,组蛋白修饰包括组蛋白乙酰化、甲基化、磷酸化和泛素化等。这些修饰可影响组蛋白与 DNA 的亲和性而改变染色质状态,也可影响转录因子与 DNA 序列的结合,对基因表达调控具有类似 DNA 遗传密码的作用,故被称为“组蛋白密码”。以往针对组蛋白乙酰化的研究较多,认为它是基因保持活化状态的前提。然而,越来越多的研究表明,组蛋白甲基化修饰在 NSC 分化过程中同样起着关键作用。

1 组蛋白甲基化

1.1 组蛋白

在真核生物中,核小体是染色质的基本结构单位,由 DNA 和组蛋白共同构成。核心组蛋白是由 H2AH2BH3 H4 2 个分子形成的八聚体,与其上缠绕的 146 bp DNA 双螺旋分子构成了核小体的核心颗粒,核心颗粒之间再由长约 60 bp DNA 和组蛋白 H1 连接起来形成串珠样结构。通常情况下,组蛋白的 N 末端可发生磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化等多种修饰。

1.2 组蛋白甲基化与组蛋白甲基化酶

组蛋白甲基化主要发生在 H3 H4 组蛋白 N 末端的赖氨酸或精氨酸残基上,由组蛋白甲基转移酶(histone methyltransferaseHMT)催化,该酶分为组蛋白赖氨酸甲基转移酶(histone lysine methytrans-feraseHKMT)和组蛋白精氨酸甲基转移酶(histonearginine methyltransferaseHRMT2 个家族。HKMT 包括果蝇 Suvar3-9Ashl 以及哺乳动物 Suv39H1Suv39H2G9aG9a 相关蛋白、SETB1/ESETMLLSET7/Set9NSD1EZH2 等,其甲基化修饰通常发生于组蛋白 H3 4 位、9 位、27 位、36 位和 79 位赖氨酸残基(H3 K4H3 K9H3K27H3 K36H3 K79)以及组蛋白 H4 20 位赖氨酸残基(H4K20)。通常认为,H3 K4H3 K36 H3K79 的甲基化修饰介导基因转录活化,而 H3 K9H3 K27 H4K20 的甲基化修饰则介导转录抑制。

HRMT 包括 PRMT5PRMT1 CARM1 等,其甲基化修饰通常发生于组蛋白 H3 2 位、8 位、17 位和 26 位精氨酸残基(H3R2H3R8H3 R17H3R26)以及组蛋白 H4 3 位精氨酸残基(H4R3)。一般来说,精氨酸甲基化与基因激活有关,HRMT 作为协同刺激因子被招募到靶基因的启动子区促进基因表达,若精氨酸的甲基化丢失,则与基因沉默相关。也有研究显示,PRM T5 可催化 H4R3 发生不对称二甲基化,DNA 甲基化酶 DNMT3A 可结合到这一修饰位点,催化邻近区域 DNA 甲基化,进而导致基因沉默。

根据残基上甲基化基团数量的不同,又可分为一甲基化(mel)、二甲基化(me2)和三甲基化(me3)修饰,其中精氨酸甲基化包括一甲基化(mel)、对称二甲基化(me2s)和非对称二甲基化(me2a)等 3 种修饰形式。

1.3 组蛋白去甲基化与组蛋白去甲基化酶

像其他转录后修饰一样,组蛋白甲基化也是可逆的。2004 年,Shi 等首次发现了组蛋白去甲基化酶 LSD1,它是一种黄素腺嘌呤二核苷酸依赖性单胺氧化酶,通过氨基氧化作用使 H3 K4me/H3 K4me2 去甲基化。随后的研究显示,含有 JmjC 结构域的蛋白家族是另一类以 Fe α- 酮戊二酸为辅因子的去甲基化酶,其家族成员可使 H3KH3K9 H3 K36 等多个位点去甲基化。例如,JHDM2(主要为 JHDM2A JHDM2B)是 H3K9 的特异性去甲基化酶,可识别 H3K9me2 H3K9melJHDM3A/JMJD2A 可催化 H3 K9me3/2 以及 H3 K36me3/2 去甲基化。

2 组蛋白甲基化对 NSC 分化的影响

在脊椎动物胚胎发育过程中,机体是如何一方面调控中枢神经系统神经元分化,另一方面抑制非神经组织中神经元分化相关基因表达的呢?研究显示,RE-1 转录沉默因子(RE-1 silencing transcriptionfactorREST)通过识别 MED19/MED26 募集组蛋白甲基化酶 G9a 催化 H3K9me2 来限制神经元的相关基因表达,从而抑制非神经元细胞和神经祖细胞(neural progenitor cellNPC)的相关神经基因表达;在空间上抑制非神经组织中的神经相关基因表达可能有利于神经元的定点分化,而在时间上抑制 NPC 的相关神经基因表达可能有利于促进 NPC 增殖。Sen Snyder 的研究显示,在哺乳动物甲基化酶 SUV39H1 缺乏时,可通过一氧化氮(nitric ox-ideNO)依赖性通路下调 H3K9 三甲基化,有利于 H3K9 乙酰化,从而增强 cAMP 反应元件结合蛋白(cAMP response element-binding CREB)相关的转录表达,通过脑源性神经营养因子和神经生长因子调节神经突生长。Dpy-30 SET1/MLL 组蛋白甲基化酶复合物的核心亚基,它直接调节整个哺乳动物基因组的 H3 K4 三甲基化。研究显示,Dpy-30 能促进胚胎干细胞向神经元分化。那么,Dpy-30 NSC 分化过程中是否同样起作用呢?应用 P19 细胞进行的实验表明,iBRAF 可通过在神经元特异基因启动子上募集组蛋白甲基化酶 MLL 促进 H3 K4 甲基化,从而对抗 REST 介导的转录抑制并激活神经元分化基因,使得突触蛋白表达上调。REST 介导的基因沉默调节机制失控与多种人类疾病相关,其中包括亨廷顿病、X 连锁精神发育迟滞等。

Ezh2 H3 K27 甲基化酶,在增殖的 NSC 中高度表达,而当 NSC 向神经元分化时表达下调,在向星形胶质细胞分化时则完全受到抑制;然而,当向少突胶质细胞分化时,Ezh2 表达却仍然很高,这可能与调控少突胶质祖细胞(oligodendrocyte precursorcellOPC)增殖有关。NSC 的自我更新和分化是一个相互联系和相互制约的整体过程,合理调控对于神经系统发育至关重要。Pereira 等的研究显不,Polycomb 抑制复合物 2Polycomb repressivecomplex 2PCR2)的组蛋白甲基化酶 Ezh2 功能丧失可消除皮质祖细胞 H3K27me3 的抑制标志,从而促进基因表达,使皮质祖细胞向分化转变。尽管在这种情况下神经发生和胶质发生还相当保守,但神经发生的时机、不同细胞类型的相对数量和向胶质发生的转化均发生改变,缩短祖细胞的神经发生时间,减少神经元的产生,过早向胶质细胞转化。miR-137 是干细胞的核心转录因子,在体内外均以剂量依赖性方式介导成体 NSC 的增殖和分化。miR-137 过度表达会促进成体 NSC 增殖,而减少 miR-137 表达则会促进成体 NSC 向神经元和胶质细胞分化。进一步的研究显示,MeCP,介导调节 miR-137 转录可抑制 Ezh2,导致整体 H3 K27m3 减少,引起表观遗传改变。这恰好与 Ezh2 在增殖中的 NSC 中高度表达的结论相反,可能说明 Ezh2 只是与神经形成有关的 m1R-137 靶目标之一,也可能是一种负反馈调节方式,具体机制有待进一步证实。

目前,针对组蛋白精氨酸甲基化的研究并不太多,尚不清楚组蛋白精氨酸甲基化在皮质发育过程中的具体机制。小鼠胚胎免疫荧光实验显示,2 种不同类型的 H3R4 甲基化(对称和不对称甲基化)在胚胎大脑皮质发育和分化过程中各细胞阶段的出现时序不同,H4R3me2s 与未分化 NPC 相关,而 H4R3 me2s H4R3me2a- 起成为有丝分裂后神经元和部分处于分化状态的 OPC 的标记物。这意味着不同形态的精氨酸甲基化在皮质发育过程中都起着重要作用。一方面,Ⅱ型精氨酸甲基化酶 PRMT5 催化生成 H4R3me2s,并抑制早期神经发育分化基因,从而促进细胞增殖;另一方面,Ⅰ型精氨酸甲基化酶 PRMT1 在皮质发育过程中与 NPC 分化为神经元有关。

3 组蛋白去甲基化对 NSC 分化的影响

多年来,组蛋白甲基化作用一直被认为呈不可逆性,组蛋白去甲基化酶的发现大大丰富了组蛋白修饰的复杂性。在调控 NSC 增殖方面,组蛋白去甲基化也起着关键作用。LSD1/KDM1 是哺乳动物中催化 H3K4me/me2 去甲基化的特异性酪氨酸去甲基化酶。LSD1 可作为 NSC 增殖的关键调节因子,它被募集到核受体 TLX 下游靶基因启动子上,协同组蛋白去乙酰化酶 5histone deacetylase 5HDAC5)共同抑制 p21 pten 基因表达,促进 NSC 增殖;在小鼠大脑皮质发育过程中,LSD1/KDM1 可引起神经元特定的剪切变异体,动态调控皮质发育,同时也影响早期神经突的形态发生。在小鼠模型中,去甲基化酶 Fbx110/KDM2b 可促进 NPC 增殖。

NSC 的增殖和分化是一个密不可分的整体,只有清楚地理解它们之间的关系才能更好地阐述组蛋白去甲基化调控 NSC 分化的机制。PHF8(一种含 JmjC 结构域的蛋白)在细胞内能催化 H3K4me3/me2 H3K9me2/mel 去甲基化,相当于维甲酸受体α共激活剂,从而促进小鼠维甲酸诱导的 P19 细胞向神经元分化,这可能与诱导神经发生的关键转录因子生成有关。KIAA1218KDM7A)也是 PHF8 家族成员,能催化 H3K9me2 H3K27me2 去甲基化。在小鼠胚胎干细胞中,神经分化早期阶段的 KIAA1718 表达上调,通过激活 FGF4-ERK1/2 信号调控神经元分化。

JMJD3 H3K27 特异性去甲基化酶,控制神经发生的关键调控因子和标记物的表达,为神经细胞系定型所必需。骨形态发生蛋白(bone morphogeneticproteinBMP)在脊椎动物周围和中枢神经系统发育中起着关键作用。BMP 信号通路过度激活可通过募集 JMJD3 Noggin(一种由 H3K27me3 调控的细胞外 BMP 抑制剂)基因启动子上使 H3K27me3 去甲基化,触发 Noggin 表达,从而抑制 BMP 表达,形成负反馈调控环路,确保神经系统发育所需的合适 BMP 水平。在维甲酸诱导的 P19 细胞神经分化早期阶段,JMJD3 通过 HES1 被募集到 MASH1 启动子近端上游区域,使 H3K27me3 去甲基化,从而促进 MASH1 高效表达。MASH1 在神经系统发育过程中促进向神经元分化而抑制向胶质细胞分化,并在 NPC 的存活和分化中起着关键作用。研究显示,在小鼠 NSC 分化早期,JMJD3 mRNA 和蛋白质表达上调,通过诱导 ARF 表达使 p53 向细胞核内聚集;在小鼠 NSC 分化过程中,通过干扰 Akt/p-FOX03A/ID1 通路调控神经分化,沉默 p53 可导致神经元形成延迟,而对胶质细胞形成无影响。

4 问题与展望

NSC 具有自我更新能力和分化为各种神经细胞的潜能,在神经系统疾病的治疗中有着很大的应用前景。在中枢神经系统发育过程中,机体根据细胞内部微环境和外部信号机制共同调控 NSC 的增殖和分化,组蛋白甲基化修饰只是其中的一种重要调控机制。组蛋白甲基化修饰与组蛋白其他调控机制(如组蛋白乙酰化)在不同时间和空间上相互联系,共同调控 NSC 的增殖和分化,如 SUV39H1 缺乏时可通过 NO 依赖性通路下调 H3K9 三甲基化调节神经突生长,LSDl 被募集到 TLX 下游靶基因启动子上可协同 HDAC5 促进 NSC 增殖。但是,目前对于很多组蛋白甲基化修饰如何调控 NSC 分化的机制尚不完全清楚,还有很多问题亟待解决,如何特定调控 NSC 向神经元分化以及这种多途径和多调节作用在神经发生中的协调和整合机制也有待进一步研究。随着这些机制的逐渐阐明,就有可能人为地控制 NSC 定向分化,最终实现应用 NSC 对神经系统疾病的修复和治疗。

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发布于 : 2013-02-04 阅读(127)